ANALISA KOMPERATIF ALGORITMA UNTUK MASALAH MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT (MSA) DALAM BIDANG BIOINFORMATIKA

SEPTIAN, EGY (2025) ANALISA KOMPERATIF ALGORITMA UNTUK MASALAH MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT (MSA) DALAM BIDANG BIOINFORMATIKA. Other thesis, UNIVERSITAS BINA DARMA.

	Text (BAB 0) 0.pdf Download (1MB)
	Text (BAB 1) 1.pdf Download (783kB)
	Text (DAFTAR PUSTAKA) D.pdf Download (643kB)
	Text (FULLBAB SKRIPSI) F.pdf Restricted to Repository staff only Download (4MB)
	Text (LAMPIRAN) L.pdf Download (889kB)

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis dan membandingkan performa dua algoritma multiple sequence alignment (MSA) yang populer, yaitu MAFFT dan Clustal Omega, dalam menangani dataset protein. Fokus utama penelitian mencakup pengukuran akurasi alignment terhadap ground truth menggunakan benchmark dataset, evaluasi efisiensi komputasi dari sisi waktu proses dan penggunaan sumber daya, serta penilaian relevansi biologis hasil alignment terhadap domain fungsional protein berdasarkan data NCBI. Metode yang digunakan adalah eksperimen komputasional dengan pendekatan terapan, di mana kedua algoritma dijalankan pada dataset yang sama menggunakan parameter standar dan hasilnya dianalisis berdasarkan metrik seperti SP Score, TC Score, waktu eksekusi, dan relevansi biologis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa MAFFT dan Clustal Omega mampu menghasilkan alignment yang sangat akurat, dengan nilai SP Score dan TC Score mencapai 100% terhadap ground truth. Clustal Omega unggul dalam efisiensi komputasi, dengan runtime yang lebih cepat (0.04 detik) dibandingkan MAFFT (0.14 detik), sementara penggunaan memori puncak relatif sama (sekitar 0.06 MB). Selain akurat secara matematis, hasil alignment dari kedua algoritma juga relevan secara biologis karena mampu mempertahankan domain konservatif protein. MAFFT dinilai lebih cocok untuk analisis eksploratif yang membutuhkan fleksibilitas parameter, sedangkan Clustal Omega ideal untuk kebutuhan efisiensi tinggi seperti layanan web dan analisis otomatis. Dengan demikian, pemilihan algoritma MSA yang optimal sangat bergantung pada karakteristik dataset dan tujuan analisis bioinformatika yang dilakukan.

Actions (login required)

View Item